Cómo contabilizar nómina con baja médica por IT: Pago delegado, complemento de convenio y liquidación de Seguros Sociales
Actualizado: 14/09/2026
Fecha: 14/09/2026
Uno de los supuestos más habituales y que genera más dudas en la gestión contable de personal es el tratamiento de la Incapacidad Temporal (IT). Cuando un trabajador causa baja por enfermedad o accidente, la empresa actúa en régimen de pago delegado: adelanta en la nómina la prestación a cargo de la Seguridad Social (o de la Mutua) y posteriormente la compensa o cobra en el Recibo de Liquidación de Cotizaciones (RLC).
Además, en muchos casos, el convenio colectivo obliga a la empresa a complementar el subsidio hasta alcanzar el 100 % del sueldo del trabajador.
En este artículo explicaremos, paso a paso y con un ejemplo práctico real, cómo contabilizar correctamente el devengo de la nómina, el gasto de cotizaciones y la posterior liquidación y cobro/compensación con la Seguridad Social.
1. Tratamiento contable según el PGC
Para reflejar correctamente la operación en el Plan General de Contabilidad (PGC PyMES), debemos distinguir tres conceptos clave:
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Gasto real de la empresa (Cuenta 640): Únicamente debe incluir los días trabajados por el empleado más el complemento a cargo de la empresa (la diferencia asumida hasta el 100 %).
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Prestación a cargo de la Seguridad Social (Cuenta 4700): La prestación por IT abonada al empleado en pago delegado no es un gasto para la empresa, sino un crédito a su favor frente a la Seguridad Social.
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Liquidación de cotizaciones (Cuentas 476 y 572): Al liquidar el mes, la empresa compensa la cuota a pagar de Seguros Sociales con la prestación abonada en pago delegado. Si el importe de la prestación supera las cotizaciones a pagar, el resultado final será un saldo acreedor a favor de la empresa, recibiendo el abono correspondiente en la cuenta bancaria.
2. Caso Práctico
Imaginemos una plantilla compuesta por dos empleados en el mes de julio:
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Empleado A: Salario bruto de 3.700,00 €.
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Empleado B (de baja por IT): Importe asignado en nómina de 1.776,30 €. De esta cantidad, la prestación por IT en pago delegado a cargo de la Seguridad Social asciende a 691,08 €.
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Retenciones IRPF totales (cuenta 4751): 1.040,04 €.
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Cuota obrera de la Seguridad Social (cuenta 4760): 115,46 €.
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Seguridad Social a cargo de la empresa (cuenta 6420): 806,54 €.
Paso 1: Registro del devengo de las nóminas (31 de julio)
En el registro de la nómina, se separa el
subsidio pagado por cuenta de la Seguridad Social (cuenta
4700)
del gasto salarial asumido por la entidad (640):
| DEBE | HABER | Descripción / Cuenta | DEBE (€) | HABER (€) |
| 64000001 | Sueldos y salarios (Empleado A) | 3.700,00 | ||
| 64000002 | Sueldos y salarios (Empleado B: días trabajados + complemento empresa) | 1.085,22 | ||
| 47000000 | Organismos de la Seguridad Social, deudores (Prestación IT pago delegado) | 691,08 | ||
| 47510000 | HP acreedora por retenciones (IRPF) | 1.040,04 | ||
| 47600000 | Organismos de la Seguridad Social, acreedores (Cuota obrera) | 115,46 | ||
| 46500001 | Remuneraciones pendientes de pago (Empleado A) | 2.839,01 | ||
| 46500002 | Remuneraciones pendientes de pago (Empleado B) | 1.481,79 | ||
| TOTAL | 5.476,30 | 5.476,30 |
Paso 2: Registro de la Seguridad Social a cargo de la empresa (31 de julio)
Registramos la aportación patronal total del mes a la Seguridad Social:
| DEBE | HABER | Descripción / Cuenta | DEBE (€) | HABER (€) |
| 64200000 | Seguridad Social a cargo de la empresa | 806,54 | ||
| 47600000 | Organismos de la Seguridad Social, acreedores | 806,54 | ||
| TOTAL | 806,54 | 806,54 |
Paso 3: Asiento de pago/cobro de los Seguros Sociales en el banco
Llegado el momento de regularizar la
liquidación de la Seguridad Social del mes de julio, procedemos a
saldar la cuota total de cotizaciones (476)
cruzándola con el crédito de la prestación (4700)
o bien ajustando el gasto de la nómina previa si se contabilizó de
forma íntegra en la cuenta
640.
En este escenario, el abono o saldo a favor devuelto por la Seguridad Social a favor de la empresa asciende a 691,08 €.
A continuación se muestra la estructura del asiento al realizar el cargo/abono de los seguros sociales en el banco:
| DEBE | HABER | Descripción / Cuenta | DEBE (€) | HABER (€) |
| 476 | Total Seguridad Social (Cuota obrera + patronal) | 922,00 | ||
| 572 | Cobrado de la Seguridad Social (Banco) | 691,08 | ||
| 640 | Disminuir cuenta Gastos de nómina | 1.613,08 | ||
| TOTAL | 1.613,08 | 1.613,08 |
Conclusiones
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Impacto en Pérdidas y Ganancias: La empresa contabiliza como gasto de personal únicamente la retribución efectiva y los complementos que corren a su cargo. La prestación legal pagada por la Seguridad Social no incrementa los gastos de la empresa.
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Neutralidad del Pago Delegado: El pago delegado actúa como un derecho de cobro o menor pago frente a la Tesorería General de la Seguridad Social.
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Control de Saldos: Tras realizar el asiento de liquidación en la fecha de cargo/abono, la cuenta de acreedores por seguros sociales (
476) queda completamente saldada a cero.
